2国博最初被称为“王家博物馆”
初建之始,巴西国家博物馆的名称是“王家博物馆”,这和身为殖民地的地位是相符的。1818年6月6日,“王家博物馆”由时任葡萄牙、巴西和阿尔加尔维国王若奥六世驻跸巴西时创立,目的是鼓励在当时还相当荒芜的巴西传播科学、文化和教育。“王家博物馆”的馆址最初设在里约市桑塔纳旷野中一栋名为“自然史之家”的房子里。它于1784年由巴西总督路易斯·瓦斯康塞洛斯创建,以收集动植物特别是鸟类的标本为主, 故被俗称为“鸟类之家”。
“王家博物馆”正式建立前一年,亦即1817年奥地利女大公玛丽娅·莱奥坡尔蒂娜到巴西与佩德罗王子成婚时,就有一批欧洲当时最重要的自然科学家随同她来到巴西,其中包括德国动植物家和植物学家、法国探险家和普鲁士自然学家等。他们在巴西多地开展长达数年的大范围探险考察与科学研究,收集整理了成千上万种动植物和矿石标本。他们的考察研究成果,丰富了“王家博物馆”的馆藏。
巴西独立成为帝国后,已建立四年的“王家博物馆”就成为皇家博物馆。巴西首位皇帝佩德罗一世执政8年半后,于1831年4月跑去葡萄牙继承王位,把巴西皇帝的位置传给他的儿子、时年仅五岁四个月的佩德罗二世。少年皇帝由大臣摄政辅佐了10年。到1841年4月,时年15岁的佩德罗二世正式登基,成为巴西帝国的第二位皇帝,当然也是末代皇帝。佩德罗二世名义上在位58年,实际在位48年。
佩德罗二世喜欢读书,崇尚知识、文化和科技,钦佩达尔文、雨果、尼采等文人学者,对多门学科情有独钟。他很重视皇家博物馆的收藏,亲自向博物馆捐赠了他在访问外国时收集的埃及等国的化石、艺术品和植物标本等。由于他的推动,也由于公众对科学发展的关注度不断提高,皇家博物馆增添了人类学、古生物学、考古学等收藏。
1889年佩德罗二世被废黜后,皇家博物馆改名为国家博物馆。1892年,国家博物馆全体研究人员连同全部馆藏从“鸟类之家”搬移到圣克里斯托冯宫。
巴西国家博物馆是巴西历史最悠久的科学博物馆。它占地面积53.3公顷,是南美洲地区最大和最重要的自然史、人类学和考古学博物馆。其下辖的巴西最大的科学图书馆拥有藏书47万余册,包括2400册珍本。
早在1938年,圣克里斯托冯宫就被巴西国家历史与艺术遗产委员会列为国家遗产。不过,自1946年起,国家博物馆划归巴西大学管辖,后巴西大学改名为里约热内卢联邦大学,巴西国家博物馆的全名也随之改为“里约热内卢联邦大学国家博物馆”,简称国家博物馆。为纪念佩德罗二世对博物馆的贡献,在国家博物馆新址的正前方置放着他高大的铜像。